Ἅγιος Ἀγάθων καταγόταν ἀπό τό Παλέρμο τῆς Ἰταλίας. Οἱ εὐσεβεῖς γονεῖς του δίδαξαν σέ αὐτόν κάθε γραφή θεόπνευστη καί ὠφέλιμη. Μετά τόν θάνατό τους συγκέντρωσε ὅλο τόν πλοῦτο του καί τόν μοίρασε στούς πτωχούς. Ὁ ἴδιος, ἀφοῦ ἀναχώρησε καί ἡσύχαζε σέ μοναστήρι, ἐκάρη μοναχός καί ὑπηρετοῦσε τόν Θεό προσευχόμενος νύχτα καί ἡμέρα ὑπέρ τοῦ σύμπαντος κόσμου. Τόσο πολύ δέ ἀγωνίσθηκε γιά τήν ἀρετή, ὥστε ἔλαβε ἀπό τόν Θεό καί τό χάρισμα νά κάνει θαύματα.
Ἐπειδή ὅμως ἡ ἀρετή δέν διαφεύγει τῆς προσοχῆς, ἔγινε καί Πάπας τῆς Ρώμης τό ἔτος 678 μ.Χ. καί ἔλαβε ἐνεργό μέρος στήν ΣΤ’ Οἰκουμενική Σύνοδο, ἀποστέλλοντας τρεῖς ἀντιπροσώπους καί τρεῖς Ἐπισκόπους τῆς Ἰταλίας. Ἡ Σύνοδος αὐτή, συνῆλθε τό ἔτος 680 μ.Χ. στήν Κωνσταντινούπολη, γιά νά καταδικάσει τήν αἵρεση τῶν Μονοφυσιτῶν. Μεταξύ τῶν καταδικασθέντων ἦταν καί ὁ προκάτοχος τοῦ Ἁγίου Ἀγάθωνος Ἐπίσκοπος Ρώμης Ὀνώριος Α’ (625 – 638 μ.Χ.)
Ὁ Ἅγιος Ἀγάθων κοιμήθηκε μέ εἰρήνη τό ἔτος 682 μ.Χ.