Ἅγιος Ἱερομάρτυς Παρθένιος καταγόταν ἀπό τήν Μυτιλήνη καί γεννήθηκε ἀπό γονεῖς εὐσεβεῖς καί ἐνάρετους, οἱ ὁποῖοι φρόντισαν γιά τήν κατά Θεόν ἀνατροφή του. Ὁ Παρθένιος ἀφοσιώθηκε στίς μελέτες καί ἔγινε ἕνας ἀπό τούς λόγιους τῆς ἐποχῆς του. Χειροτονήθηκε πρεσβύτερος καί λίγο ἀργότερα ἐξελέγη Ἐπίσκοπος τῆς Ἐκκλησίας τῆς Χίου. Μετά παρέλευση ἀρκετοῦ χρόνου κλήθηκε στόν πατριαρχικό θρόνο τῆς Κωνσταντινουπόλεως, περί τά τέλη τοῦ ἔτους 1656.
Ὡς Πατριάρχης ἀναδείχθηκε ἄνδρας εὐλαβής, χρηστός στόν τρόπο, λόγιος καί ζηλωτής ὅλων τῶν ἔργων τῆς εὐσεβείας καί τῆς ἀρετῆς καί ὑποστηρικτής τῆς ἑλληνικῆς παιδείας. Ἡ ἀγάπη του πρός τήν παιδεία καί τό ἐνδιαφέρον του γιά νά μήν σβήσει τό καντήλι τοῦ φωτός καί τῆς γνώσεως, τόν ὁδήγησαν στό νά ἀπευθύνει ἐπιστολή πρός τόν Μητροπολίτη πρώην Νικαίας, ὁ ὁποῖος ἦταν πολύ πλούσιος καί διέμενε στήν Ταυρίδα, πλησίον τοῦ βασιλέως τῶν Κοζάκων, διά τῆς ὁποίας παρακαλοῦσε νά ἐνισχύσει τό ἔργο τῆς ἀναπτύξεως τῆς ἑλληνικῆς παιδείας. Ἡ ἐπιστολή αὐτή περιέπεσε στά χέρια τῶν Τούρκων. Ἔτσι ὁ Σουλτάνος Ἰμπραήμ ὁ Α’ διέταξε τήν θανάτωση τοῦ Ἁγίου Παρθενίου.
Ὁ Ἱερομάρτυς Παρθένιος συνελήφθη τό Σάββατο τοῦ Λαζάρου, τοῦ ἔτους 1657 καί πιεζόμενος νά δεχθεῖ τόν Ἰσλαμισμό γιά νά ἀποφύγει τόν θάνατο, στάθηκε σταθερός καί ἀκλόνητος στήν Χριστιανική πίστη. Γιά τόν λόγο αὐτό τόν κρέμασαν στήν καγκελωτή πύλη, τήν λεγόμενη Παρμάκ – Καποῦ. Τό ἱερό λείψανό του παρέμεινε κρεμασμένο ἐπί τρεῖς ἡμέρες καί μετά ρίχθηκε στήν θάλασσα. Ἀργότερα τό περισυνέλεξαν οἱ Χριστιανοί καί τό ἐνταφίασαν μέ εὐλάβεια στήν λεγόμενη νῆσο «τῶν Πριγκίπων».