ζησε στά χρόνια τῶν διωγμῶν κατά τῶν χριστιανῶν ἐπί Διοκλητιανού.
Ἦταν ἀσκητής στήν ἔρημο τῆς Αἰγύπτου. Πήγαινε πολλές φορές στίς πόλεις ὅπου δίδασκε, καί ἔφερνε στό ἀσκητήριό του πλήθη πού ἤθελαν πνευματική καθοδήγηση καί ἐνίσχυση.
Ὅταν πληροφορήθηκε ὅτι τόν καταζητοῦσαν παρουσιάστηκε ὁ ἴδιος στόν ἔπαρχο Ἀρριανό. Αὐτός ἐξεπλάγη βλέποντας τόν σεβάσμιο γέροντα, τόν ἀσθενή καί λεπτό καί ὅμως ἰσχυρό νά ἔχει τό βλέμμα τοῦ κριτοῦ. Ἀφοῦ ἀρνήθηκε νά ἀλλάξει πιστεύω τόν ἔριξαν στή φυλακή όπου, με τη διδασκαλία του, ἔκανε τούς δεσμῶτες του χριστιανούς.
Ὅταν τόν πῆγαν γιά ἀνάκριση κοντά στόν ποταμό Νεῖλο, ἀνέπτυξε μέ τόση δύναμη τή χριστιανική πίστη ὥστε, καί πάλι ψαράδες, ἀλλά καί 546 συνολικά στρατιῶτες, μαζί μέ τόν προϊστάμενό τους Εὐσέβιο, ὁμολόγησαν τόν Χριστό καί ἀποκεφαλίστηκαν.
Τόν δέ Παφνούτιο, ἀφοῦ τόν βασάνισαν, τόν σταύρωσαν ἐπάνω σ’ ἕνα ξερό φοίνικα, ὅπου καί παρέδωσε τήν ψυχή του στόν Κύριο.
Πηγή: http://www.synaxarion.gr/gr/index.aspx